Çikolata kisti, tıbbi adıyla endometrioma, endometriozis nedeniyle oluşur. Endometriozis, rahim iç tabakasının rahim dışındaki başka bölgelere yerleşmesi ve bu bölgelerde rahim içi tabakası gibi davranarak kalınlaşması ve kanaması sonucunda ortaya çıkan bir hastalıktır. Endometriozis nedeniyle oluşan adezyonlar, yumurtalıklara yerleşerek kistleşmeye yol açar. Bu kistler, çikolata kisti olarak adlandırılır ve genellikle tek yumurtalığı etkiler; nadir durumlarda her iki yumurtalıkta da görülebilir. Çikolata kistleri, yumurtalıklarda fonksiyon bozukluğuna, sağlam dokunun azalmasına veya yumurtalık kapasitesinin bozulmasına yol açarak gebe kalmayı zorlaştırabilir.

Rahim iç dokusunun farklı alanlara taşınması ve bu alanlarda yarattığı bozukluklar nedeniyle oluşan kalıntılar, çevre dokularda yapışıklığa neden olabilir. Bu yapışıklıklar, bölgenin anatomik yapısını bozarak çevre organlarda fonksiyon bozukluğuna yol açar. Fallop tüpleri tıkanabilir veya tüplerde yapışıklıklar oluşabilir. Bu durumda, kadının yumurtası veya erkeğin spermi geçiş yapamayabilir. Bu tür olasılıklarda çikolata kisti, gebe kalamama nedeni olarak ortaya çıkar. Adezyonlar nedeniyle tüplerin uç kısmında yer alan saçaklar işlevini kaybeder, bu da yumurtalıklardan atılan yumurtanın tüplerden geçişini engelleyerek kısırlığa yol açar.

Adezyonlar, organlar arasında gerçekleşmişse, bu da kısırlık için bir neden olabilir. Rahim, yumurtalık, bağırsaklar veya fallop tüpleri arasında oluşan yapışıklıklar nedeniyle kısırlık yaşanabilir. Kısırlık şikayetiyle doktora başvuran kadınların yaklaşık %40'ında çikolata kisti tespit edilir. Çikolata kistinin başlangıç döneminde ve ikinci evresinde bile kısırlık problemi yaşanabilir. Çikolata kisti kadınların gebe kalma şansını oldukça düşürür.

Çikolata kistine müdahale edilmemesi durumunda kist yayılma eğilimi gösterir. Büyüklüğü 3 santimetreye kadar ulaşan çikolata kistleri, laparoskopi yöntemiyle tedavi edilebilir. Laparoskopi, çikolata kisti tedavisinde oldukça başarılı bir tedavi seçeneğidir. Laparoskopi ile çikolata kisti tedavi edildikten sonra, kadının 6-12 ay içinde kendiliğinden gebe kalması beklenir. Ancak bu süre içinde gebelik sağlanamamışsa, tüp bebek tedavisi uygun görülür. Çikolata kisti bulunan hastalarda gebelik şansı tamamen yok değildir; düşük ihtimalle de olsa gebelik oluşabilir. Çikolata kistine rağmen gebelik oluşmuşsa, gebelik sırasında kistlerde büyüme görülmediği gibi gerileme de gözlemlenebilir. Ancak zaman zaman kistlerde büyüme de fark edilebilir. Çikolata kisti, üreme çağındaki kadınlara has ve sinsice ilerleyen bir hastalıktır. Kistler büyüdüğünde kısırlık, dış gebelik ve yumurtalıkların alınması gibi durumlar söz konusu olabilir.

Cinsel ilişki sırasında ağrı, şiddetli adet dönemi, kasık ve karın bölgesinde ağrı, dışkıda kan, idrarda yanma ve kanama gibi belirtiler, çikolata kistinden şüphelenmeye yol açabilir. Çikolata kisti, yumurtalık ve kordonlara kadar ilerlediğinde gebelik şansı oldukça düşer. Çok nadir durumlarda menopoz döneminde ve hatta erkeklerde dahi görülebilir. Kadında hiçbir belirtiye yol açmadan tesadüfen bir muayene sırasında tespit edilebilir.

Kadın eğer çikolata kistine rağmen gebe kalmışsa, gebeliğin ilerleyen dönemlerinde kistler herhangi bir zarara yol açmaz. Ancak gebeliğin başlangıcında gebelik kayıplarına neden olabilir.