Brankial kistler, doğumsal kaynaklı olup anne karnındaki bebeğin embriyolojik gelişim döneminde baş ve boyunda bulunan farklı dokuların oluşumu sırasında farengobrankial kanalların kapanmama sorunu nedeniyle meydana gelirler. Bu kistler genellikle boynun yan taraflarında ve sternokleidomastoid kas adı verilen büyük boyun kasının önüne yerleşirler. Kistlerin yerleşim yeri sabit olup, kesin tanı koymaya yardımcı olur.

Embriyo gelişimi sırasında, 2-7 haftada embriyonun iki tarafında 6 brankial ark, 5 tane brankial yarık ve 5 tane brankial kese bulunur.

Brankial yarıklar geçici bir süre boşluk halinde olur ve ardından kapanır. Bu boşlukların kapanmaması halinde brankial kistler oluşur. Boyunda lateral bölgede olan kitlelerin yaklaşık %37'sini kistler, kalan %63'ünü ise fistüller meydana getirir.

Kistler genellikle erken çocukluk döneminde küçük oldukları için fark edilmez. Çoğunlukla ileri yaşlarda üst solunum yolu enfeksiyonu sırasında kistin enfekte olması durumunda şişer ve fark edilirler. Kistlerin tanısı ise genellikle geç çocukluk dönemi ile 30 yaş arasında konulur. Erkeklerde %60 oranında, kadınlarda ise %40 oranında etkili olurlar.

Bu kistler 4 farklı brankial yarıktan oluşabilir. 1. Brankial ark kulağın önünde ya da altında yerleşim gösterir. Buradan parotis bezi ile yüz sinirini takiben dış kulak yoluna uzanır. 2. Brankial arkta oluşan kist boyun üst yan tarafından çene altına yerleşim gösterir. Buradan iç ve dış karotis damarlarının arasından uzanarak bademcik lojuna kadar uzanır. 3. Brankial arktaki kist ise boynun orta yan bölgesinde yerleşir, buradan öne yutağa sinüs bölgesine kadar uzanır. 4. Brankial arktaki kist, boynun alt yan bölgesine yerleşir. Buradan karotis kılıfını takiben sinüs piriformisin ucuna doğru uzanırlar. En fazla görülen 2. Brankial ark kistidir. Fakat nadiren diğerleri de görülebilir.

Brankial kistlerin tanısı genellikle klinik muayene ve görüntüleme yöntemleri ile konulur. Ultrasonografi, bilgisayarlı tomografi (BT) ve manyetik rezonans görüntüleme (MRI) gibi yöntemler tanıda yardımcı olabilir. Kistin yerleşimi, büyüklüğü ve çevre yapılarla ilişkisi bu yöntemlerle belirlenir.

Brankial kistler enfekte olabilir ve bu durumda ağrı, şişlik ve kızarıklık gibi belirtiler ortaya çıkabilir. Enfeksiyon tekrarlayabilir ve çevre dokulara yayılabilir. Ayrıca, kistin boyutu büyükse solunum ve yutma güçlüğüne neden olabilir.

Brankial kistler tekrarlayan enfeksiyonlar ve kozmetik nedenlerle tedavi gerektirir. Bilgisayarlı tomografi ve MRI gibi yöntemlerle tanı konulan kistlerin tedavisi genellikle cerrahi olarak çıkarılması ile gerçekleşir. Cerrahi girişim sırasında kist ve kist traktı adı verilen uzantısıyla birlikte çıkarılır. Bu, kistin tekrarlama riskini azaltır ve tam iyileşme sağlar.